El asentamiento humano en este lugar es de origen prehistórico, teniéndose constancia de vestigios arqueológicos de la Edad de Bronce. Existen datos que el pueblo se llamó "Cuevas de Río franco" y "Cuevas de Seglares", ya que surgió como un verdadero núcleo urbano de viviendas rupestres excavadas en las Laderas de los cerros.

Atraviesa la localidad el río Franco, afluente del Arlanza. En su ribera crece abundante vegetación, en la que destacan los chopos. Hay además en el municipio un gran número de fuentes y manantiales naturales.

Las bodegas están situadas en el cerro “Peña Oliva” y en la calle Real, conformando un total de 130 bodegas. Alguna de ellas cuenta con lagar. En la Edad Moderna Cobos de Cerrato contaba con 15 obradas de viñedo, algo más de seis hectáreas, en la actualidad pertenece a la DO Arlanza.